1974年祝新运在《闪闪的红星》中饰演潘冬子一角,出色地刻画了潘冬子机智勇敢,大胆果断,嫉恶如仇的性格特色,成功地表现了一个山娃子成长为一名红军战士的经历,12岁的祝新运因该片一举成名,成为享誉中国影坛的著名童星。影片拍完他就进入了八一电影制片厂演员剧团,成为团里最小的演员。他相继参加拍摄了《萨里玛珂》、《赣水苍茫》、《十天》等影片的拍摄,饰演了一个个真实自然、活泼可爱的少年儿童形象。
1980年祝新运考入解放军艺术学院戏剧系深造。经过四年的系统学习,他的演技得到提高,思想进一步成熟。大学毕业后他继续回到八一电影制片厂演员剧团当演员。1986年,他在影片《颤动的金翅膀》中初次饰演成人角色,塑造了一位乐观向上的当代青年天保,重新受到人们的关注。1987年,在影片《闪电行动》中饰演纯朴善良、聪明勇敢的战士林小亮,表演生动真实,获得好评。1988年,在影片《黑脸女婿》中饰演一个聪明伶俐,颇有喜剧色彩的农村青年,表演上又有新的追求。2003年参与《惊涛骇浪》拍摄。除参加影片的拍摄外,他还参加多部电视剧的拍摄,如在大型室内剧《明天不是梦》中饰演主要角色。另外,他还涉入导演工作,由他担任副导演的影片《弹道无痕》曾在电影界引起强烈反响。祝新运因《闪闪的红星》而成名,虽然他后期也拍摄了一系列电影作品,但影响都远远比不上这部儿时拍摄的处女作。