1993年，执导剧情短片《灯》，该片获得电影基金会优良创作辅导短片，她也因此开始了导演生涯。1994年，执导剧情短片《身体影片》。1995年，担任纪录片《单打双不打》的助理导演，该片由董振良执导。
1997年，创作的电影影像书《单打双不打》获得金鼎奖年度优良图书奖；同年，担任纪录片《X岛屿之两门相望》的制片人；此外，还执导了纪录片《艺术家和她的女儿》。
1998年，执导纪录片《走找布袋戏的老艺师—一代女头手江赐美》，该片获得第21届金穗奖最佳纪录录像带奖；同年，执导纪录片《遗失在海峡中—乌丘》。1998年，执导纪录片《断曲—找寻布袋戏后场的老乐师》；随后，执导纪录片《辐射将至—乌丘》；此外，还担任了纪录片《解密831》的助理导演。
1999年，执导纪录片《漂泊的港湾—百年基隆港》，该片获第22届金穗奖最佳纪录录像带奖；同年，执导纪录片《师影》。2000年，执导纪录片《邹族战祭》；同年，担任纪录片《猎人头祭的故事》的导演。
2001年，创作电影影像书《流离岛影》，该书获得中时开卷年度十大好书；同年，执导纪录片《猎人头祭的故事》，该片获得第24届金穗奖最佳纪录录像带奖；同年，执导纪录片《雪山历历》，该片获得文建会纪录像带奖地方文化史纪录奖。
2002年，执导纪录片《极端宝岛》，该片获得25届金穗奖最佳纪录录像带奖、第3届台湾国际纪录片双年展国际竞赛类评审团特别奖；同年，执导纪录片《私角落》，该片获得第4届台北电影节最佳纪录片奖、第3届台湾国际纪录片双年展台湾奖评审团大奖。2003年，执导纪录片《摆渡》。
2004年，执导个人首部长片《艳光四射歌舞团》，该片获得第41届金马奖年度最佳台湾电影奖、韩国亚洲独立制片影展观众票选最佳电影奖。2005年，执导剧情电影《黑暗视界》。2006年，担任剧情电影《单车上路》的制片人，该片由李志蔷执导。
2007年3月30日，自编自导的剧情电影《刺青》上映，该片获得第57届柏林国际电影节最佳泰迪熊奖、罗马亚洲电影节最佳影片奖。
2008年，执导由赵逸岚、房思瑜、白芝颖联袂主演的剧情电影《漂浪青春》，该片讲述了三个同性恋者各自的感情经历，入围第58届柏林国际电影节全景单元；同年，执导由房思瑜、庞庸之联袂主演的剧情电影《麦子不死》。2009年，执导由徐贵樱、姚元浩、陈奕联合主演的剧情电影《搏浪》。
2010年，自编自导由炎亚纶、房思瑜合作主演的校园剧《死神少女》，该剧讲述了死神少女渡度化12个青少年的故事。2011年，执导音乐短片《听你说》，该片由郁可唯歌唱。2013年9月6日，执导的爱情电影《花漾》在中国内地上映，该片由陈意涵、陈妍希、言承旭联合主演。
2015年，在纪录片《我们这样拍电影》中出镜。2016年，执导由温升豪、是元介、徐丽雯联合主演的恐怖电影《回魂》。2017年，自编自导由钟瑶、卢婕合作主演的爱情电影《替身》；7月1日，自编自导的爱情喜剧电影《伪婚男女》在台湾上映，该片由唐振刚、周厚安共同主演。
