詹妮弗·加纳是三个姐妹中的老二。父亲是化学工程师,母亲教英语,加纳家三姐妹从小就受到父母的严格督促,好好学习,欣赏艺术,很少看电影。
1998年,加纳与斯科特·福利拍摄《费里西蒂》而相遇,两人于2000年10月19日结婚。2003年3月,加纳与丈夫分居后,同年5月写下离婚协议书,以双方无法相容的差异性为由诉请离婚。两人的离婚协议于2004年3月30日生效。
2004年,加纳与本·阿弗莱克是在7月开始交往,两人于2005年6月29日在一个海岛秘密结婚,同年12月1日,加纳在洛杉矶产下一女,命名为维奥莱特·阿弗莱克(VioletAnneGarnerAffleck)。2008年7月17日,加纳宣布再度怀孕。2009年1月6日,加纳在洛杉矶产下次女,名为塞拉芬娜·阿弗莱克(SeraphinaRoseElizabethGarnerAffleck)。2012年2月28日,珍妮弗·加纳在美国加州圣摩尼卡顺利产下一个男孩,本·阿弗莱克家再添第三个宝宝,名为塞缪尔·加纳·阿弗莱克。
2015年7月1日,本·阿弗莱克和詹妮弗·加纳十年婚姻宣布破裂。在经过10年婚姻生活并育有三个子女之后,夫妻两人发表共同声明宣布离婚。
2018年10月10日,本·阿弗莱克和詹妮弗·加纳正式完成最后的离婚手续,两人已经不再是夫妻。