1953年,6岁的萧芳芳在舞台剧《家》中反串演出孙少爷高海臣。
1954年,萧芳芳7岁生日刚过,萧母的朋友导演李化邀请萧芳芳在其新戏《小星泪》中客串一角,萧芳芳至此正式涉足影坛。萧母也因此发现了女儿在演艺方面的天赋,此后便开始着力培养萧芳芳的演艺能力。第二年萧芳芳便考入了香港中联影业公司,与少年李小龙一同演出了电影《孤星血泪》。
1955年,萧芳芳与林黛合作主演了《梅姑》。萧芳芳饰演女主角的童年。此片为萧芳芳成名作,刚出道两年的她就凭借该片赢得了第二届东南亚影展最佳童星奖。艺名“芳芳”也是该片导演严俊为她所取。
真正令萧芳芳成名是1958年她11岁时与息影30年复出的胡蝶合作主演的电影《苦儿流浪记》,该片是第一部获旧金山国际影展金奖提名的中国电影。该片由萧芳芳演唱的主题歌《世上只有妈妈好》日后还被引入台湾电影,成为三地广为流传的歌曲。
1960年,13岁的萧芳芳出演了第一部武侠片《青城十九侠》和第一部粤语片《芸娘》。此后,她走红粤语影坛,至1966年,短短的几年间萧芳芳总共出演了100多部古装片,有时一个月内她要两三部影片的拍摄任务。
1966年,19岁的萧芳芳加盟光艺电影公司,出演她的第一部时装戏《少女心》,影片中她一人饰演三个角色,载歌载舞一共跳了18支舞。
此后萧芳芳又拍摄了一系列时装片,在《飞贼红玫瑰》中,她一人饰演10个角色。在《紫色风雨夜》中她表演了恰恰、爵士、古典芭蕾舞以及各种土风舞。在《飞女正传》中,萧芳芳塑造了一位叛逆少女的形象,创下了彼时香港粤语片的票房纪录。此时萧芳芳成功从一个古装片演员转型为时装歌舞片演员。
20世纪六七十年代香港艺人流行结拜,萧芳芳、冯素波、沈芝华、陈宝珠、薛家燕、王爱明及冯宝宝7个女孩,因为同为童星和演粤语片出身而相识并结拜组成了“七公主”,萧芳芳被称为“玫瑰公主”。“七公主”还合作拍摄过一部同名电影《七公主》。
1970年,萧芳芳弃影前往美国留学。1973年,萧芳芳取得了大众传播学学士学位后回到香港。她原本打算接母亲在美国定居并继续攻读学业,但最终被台湾导演说服去日本与秦祥林合作拍摄了《广岛廿八》。
重返影坛的萧芳芳开始尝试不同类型的片种与角色。1974年,与秦祥林、林青霞联袂主演了《女朋友》,萧芳芳凭借此片获得了第12届台湾电影金马奖最佳女配角奖。同年,主演的《海韵》她赢得了第5届西班牙影展最佳女主角奖。1975年再度与秦祥林合作主演《西贡.台北.高雄》。
1976年,自编、自导、自演了影片《跳灰》。被香港影坛评价为香港电影新浪潮的前奏之作。
1977年在香港无线电视台主持搞笑节目《点只咁简单》,塑造了“林亚珍”这一傻大姐形象,随后萧芳芳自组电影公司将这个人物搬上大银幕,监制并演出了一系列的“林亚珍”电影。
1979年,与导演许鞍华合作,自制、自演《撞到正》,淡化肢体语言,融入民俗元素。
1980年去台湾主演电视剧集《秋水长天》,凭借该剧集萧芳芳获得了第16届台湾电视金钟奖最佳女主角奖。
1982年萧芳芳再次去美国深造。1984年回到香港。
1988年主演喜剧片《不是冤家不聚头》,同年萧芳芳凭借此片获得第7届香港电影金像奖最佳女主角奖。
1993年,与李连杰合作演出《方世玉》,饰演方世玉母亲苗翠花,电影中苗翠花武功高强、好抱不平,但却粗心鲁莽。凭借此片中的表现使她开始为内地影迷所熟知。同年她与许冠文合演贺岁片《抢钱夫妻》,两部影片同时入围当年香港金像奖最佳女主角奖。
1995年萧芳芳在电影《女人四十》中饰演一位饱受生活困扰的中年女性,凭借在该片中的表现,使她获得第15届香港电影金像奖、第1届香港电影金紫荆奖、第2届香港电影评论学会及第32届台湾电影金马奖最佳女主角奖。并获得了第45届柏林国际电影节最佳女主角奖,成为继张曼玉之后第二位获得该奖项的华人女星。同年此片也为她赢得亚洲电影人协会颁赠的最高成就奖。
1996在电影《虎度门》中饰演一位粤剧名伶,凭借此片,萧芳芳荣获第41届亚太电影节及第33届台湾电影金马奖最佳女主角奖。
因为多年来演出成就,1997年萧芳芳获颁英女皇MBE勋衔及香港艺术家年奖。
1997年与柯受良、赵文卓合作主演《麻雀飞龙》后,萧芳芳因受耳患困扰,基本在银幕上绝迹。该片也成了萧芳芳的最后一部影视作品。
1999年萧芳芳凭借“林亚珍”这一经典角色被TVB评选为“我最难忘的5位女主角”之一。
2009年,已接近失聪的萧芳芳获得第28届香港电影金像奖颁奖典礼终身成就奖,以表扬其在香港电影界作出的贡献。