1962年，执导个人首部短片《大力士》；同年，执导短片《赫拉克勒斯》。1967年，执导短片《德意志要塞无防范之抵御》，该片由PeterBrumm、WolfgangvonUngern-Sternberg联袂主演。1968年，由其执导的剧情电影《生命的标记》上映，该片入围第18届柏林国际电影节银熊奖-特别奖；4月3日，执导的短片《最后的文字》在西德上映。
1969年，执导由马里奥·阿多夫主演的短片《防范未然》。1970年，由其执导的剧情电影《侏儒流氓》上映。1971年，执导纪录片《沉默与黑暗的世界》，该片纪录了一名聋哑老女子四出奔走，协助和她一样受相同苦厄的人；同年，执导自然纪录片《海市蜃楼》，该片展现出北非撒哈拉大沙漠孤寂的景象；此外，还在纪录片《GeschichtenvomKübelkind》中出镜。
1972年，自编自导由克劳斯·金斯基、海伦娜·罗赫联袂主演的冒险电影《阿基尔，上帝的愤怒》，该片入围第1届凯撒奖-最佳外国电影奖。1974年11月15日，由其执导的犯罪电影《卡斯帕尔·豪泽尔之谜》在美国上映，该片由HansMusaeus、布鲁诺·斯列斯坦联合主演，影片获得第28届戛纳电影节主竞赛单元-评审团大奖；同年，自导自演传记纪录片《木雕家斯泰纳的狂喜》。
1976年，执导根据真人真事改编的剧情电影《玻璃精灵》，该片主要展现出人类无尽的贪婪本性，并且为了贪图一切变得疯狂可怕，表现出人类既可怜有可悲的情景故事；同年，执导短片《无人伴我玩》。
1977年，由其执导的剧情电影《史楚锡流浪记》上映，该片由克莱门斯·史楚锡、威赫姆·冯·霍姆伯格联合主演；10月1日，参演的纪录片《Lasoufrière》上映。
1979年，执导由克劳斯·金斯基、伊莎贝尔·阿佳妮合作主演的恐怖电影《诺斯法拉图》，影片基于布拉姆·斯托克的原著小说《吸血伯爵德古拉》进行改编，入围第29届柏林国际电影节主竞赛单元；同年，由其执导的剧情电影《沃切克》上映，该片入围第32届戛纳电影节主竞赛单元-金棕榈奖；此外，还在纪录片《IAmMyFilms-APortraitofWernerHerzog》中出镜。
1980年，与汤姆·拉迪合作主演纪录片《赫尔佐格吃他的鞋》。1982年，由其执导的剧情电影《陆上行舟》上映，该片由克劳斯·金斯基、克劳迪娅·卡汀娜联袂主演，他凭借该片获得第35届戛纳电影节主竞赛单元-最佳导演奖，该片入围第36届英国电影和电视艺术学院奖电影奖-最佳外语片奖；同年，在纪录片《梦想的负担》中出镜；此外，还在纪录片《666房间》中出镜。
1983年，参演由鲍尔·考克斯执导的剧情电影《花痴》。1984年，执导由布鲁斯·斯宾斯、WandjukMarika联合主演的剧情电影《绿蚂蚁做梦的地方》，该片入围第37届戛纳电影节主竞赛单元。1985年4月24日，由其参演的纪录片《寻找小津》上映；同年，自导自演纪录片《发光的山》。1986年，自导自演纪录片《赫尔佐格的自画像》。
1987年，执导由克劳斯·金斯基、JoséLewgoy共同主演的剧情电影《非洲黑奴》；同年，主演的纪录片《赫尔佐格在非洲》上映。1988年，执导短片《Lesgauloises》；同年，与吕基·康曼西尼联合执导纪录片《牛仔和法国人》。
1989年，执导纪录片《Wodaabe-DieHirtenderSonne.NomadenamSüdrandderSahara》；同年，与KeithCheetham联合执导剧情电影《Giovannad'Arco》；此外，还参演了剧情电影《EsistnichtleichteinGottzusein》。
1990年，执导纪录片《EchosauseinemdüsterenReich》。1991年10月3日，由其执导的剧情电影《石头的呐喊》在德国上映，该片由VittorioMezzogiorno、玛蒂尔达·梅合作主演。1992年，自导自演战争纪录片《黑暗之课》。
1995年，由其执导的纪录片《五种死亡的声音》上映；8月27日，执导的纪录片《深处响起的钟声：俄罗斯的信仰和迷信》上映。1997年，自导自演战争纪录片《小迪特尔想要飞》。1998年，由其参演的剧情电影《美梦成真》上映。
1999年，执导纪录片《我的魔鬼》，该片入围第12届欧洲电影奖最佳纪录片奖；同年，参演由哈莫尼·科林执导的剧情电影《驴孩朱利安》；此外，还执导了纪录片《ChristandDemonsinNewSpain》。
2001年，执导由蒂姆·罗斯、约克·亚赫罗联合主演的剧情电影《纳粹制造》；同年，执导纪录片《Pilgrimage》。2002年，与多位导演联合执导剧情电影《十分钟年华老去：小号篇》。
2003年，担任纪录片《TheMakingof'Hulk'》的制作人。2004年，执导纪录片《白钻石》；同年，主演由扎克·佩恩执导的冒险电影《IncidentatLochNess》。2005年，由其执导的纪录片《灰熊人》上映，该片入围第21届圣丹斯电影节世界电影单元-纪录片奖。
2006年，执导由克里斯蒂安·贝尔、史蒂夫·茨恩共同主演的战争电影《重见天日》，该片根据真实事件改编，讲述了一名美军飞行员执行任务时不幸被俘，在战俘营中联合战友成功越狱的故事；同年，在纪录片《寻找沃纳》中出镜。
2007年，执导纪录片《世界尽头的奇遇》，该片主要拍摄了南极洲麦克默多站的生活和壮丽景色，记录了沃纳·赫尔佐格与剧组前往南极洲拍摄当地生物、居民以及独特地理风貌的历程，该片入围第81届奥斯卡奖-最佳纪录长片奖；4月30日，与萨曼莎·莫顿共同主演的喜剧电影《寂寞先生》美国上映；9月，参演的纪录片《影展玩家》上映；同年，在纪录片《完美的茶叶》中出镜；此外，还参演了由扎克·佩恩执导的喜剧电影《大赌局》。
2008年，在纪录片《反抗天使——电影制片人的觉醒》中出镜；6月12日，参演的冒险纪录片《BLAST!》上映；9月24日，参演的纪录片《回到666号房间》上映。
2009年，执导犯罪电影《坏中尉》，该片由尼古拉斯·凯奇、方·基默、伊娃·门德斯联合主演，影片获得第66届威尼斯电影节克里斯托弗.D.史密瑟斯基金特别奖；9月7日，参演的剧情短片《塑料袋》上映；12月11日，由其执导的恐怖电影《儿子，你都干了什么》上映，该片由迈克尔·珊农、威廉·达福合作主演，影片入围第66届威尼斯电影节主竞赛单元；同年，执导纪录片《Labohème》。
2010年，由其自导自演的纪录片《被遗忘的梦的洞穴》上映；同年，执导战争电影《钢琴调谐器》；此外，还担任了60届柏林电影节评审主席。2011年，执导犯罪纪录片《凝望深渊》；同年，自导自演纪录片《快乐的人们》，该片获得第24届东京国际电影节丰田地球贡献奖-地球贡献奖评委会特别奖。
2012年，出演由克里斯托夫·迈考利执导的动作惊悚电影《侠探杰克》，该片改编自李·查德的“浪子神探”杰克·雷彻系列小说；11月8日，担任制片人的纪录片《杀戮演绎》上映；5月，参与配音的动画冒险电影《荷索之恐龙梦奇地》上映。
2013年，由其参演的剧情电影《另一个故乡》上映；同年，在纪录片《无信仰者》中出镜；此外，还获得了第66届洛迦诺国际电影节荣誉金豹奖。2014年，参与配音的动画冒险《马达加斯加企鹅》上映；同年，在纪录片《人生如戏》中出镜；此外，还担任了纪录片《沉默之像》的制作人，该片由约书亚·奥本海默执导。
2015年，自编自导根据真人真事改编的传记电影《沙漠女王》，该片由妮可·基德曼、詹姆斯·弗兰科等合作主演，影片入围第65届柏林国际电影节主竞赛单元。2016年，自编自导惊悚电影《盐与火》，该片由汤姆·比塞尔的小说改编而成，影片入围第19届上海国际电影节金爵奖-最佳影片奖；同年，执导纪录片《你瞧，网络世界的幻想》；此外，还自导自演了纪录片《深入火心》。
