1986年,申恩庆开始出演KBS电视剧。
1991年,出演影片《爱从现在开始》和《单车恋人》。
1994年,与李政宰合演由裴昶浩执导的影片《年轻男子》,这是申恩庆的大银幕处女作。
1997年,主演了由林权泽执导的剧情片《娼》,该片讲述YoungEun自少女至成人时期为娼的生涯,为了演活片中娼妓的角色,申恩庆特训了两个多月,以了解娼妓的生活及工作,获得第18届韩国青龙电影奖人气明星奖和最佳女演员奖。
1999年,申恩庆与金泰佑、金泰宇主演惊悚悬疑片《神秘空》。同年,与金太宇主演惊悚悬疑片《死亡幽灵》。
2000年,与陈熙琼主演了由李元宗执导的爱情片《综合病院》,扮演了一位外表中性的洒脱女医大学生,获得第31届百想艺术大赏最佳新人女演员奖。
2001年,与崔民秀、李应敬主演动作喜剧片《我的老婆是大佬》,扮演从小与姐姐相依为命的恩珍。同年,与朱玄主演动作片《正义难伸》,饰演电脑专家姜警官。
2002年,申恩庆与郑俊浩主演爱情喜剧片《爱你不后悔》。
2003年,申恩庆与朴俊圭、李元钟、金仁权主演动作喜剧片《我的老婆是大佬2》,在拍摄动作戏场面时,申恩庆不甚被木屑刺入眼睛,导致一只眼睛完全丧失了视力。同年,与申贤俊主演战争片《海底深蓝》。
2005年,与韩石圭出演喜剧片《主妇问题王先生》,扮演司仪一角。同年,与金允珍联手合演动作悬疑片《六月日记》。此外,她还与金秀路合演浪漫喜剧《今日运势》。
2006年,与金荷娜主演恐怖片《灵》。
2007年,与柳秀荣主演爱情喜剧《不良情侣》,扮演一个不想结婚但想要个孩子的时尚杂志主编。
2008年,申恩庆与柳镇、金惠子出演家庭剧《妈妈长角了》,饰演罗一石的大女儿罗英秀,该剧获得蒙特卡洛电视节3项提名。
2010年,申恩庆、郑俊浩主演了由郑允洙执导的爱情片《两个女人》,饰演产科医师素英。
2012年,与金承秀主演爱情剧《依然是你》,饰演真离婚的女人车顺英,获得SBS演技大赏优秀演技奖和十大明星奖。4月9日,在SBS综艺节目《HealingCamp》上,自曝惨痛手术经历,告诫观众谨慎整容。
2013年,与金载沅、赵允熙出演了由金镇万执导的悬疑剧《丑闻》,饰演天下律师事务所代表律师尹华英,获得MBC演技大赏女子最优秀演技赏。
2014年,申恩庆与王光娜、朴海美主演电视剧《妻子绯闻–起风了》。
2015年,申恩庆出演电视剧《Oh我的鬼神大人》,饰演姜善宇的母亲赵惠英。